海藻糖是由两个葡萄糖分子通过半羟基缩合而成，由于不存在游离的醛基 ，故为一种非还原型双糖，分子式是C12H22O11（含两个结晶水）。由于两个葡萄糖分子可以形成α-吡喃葡萄糖和β-吡喃葡萄糖，通过α-1,1糖苷键连接可以得到三种异构体：海藻糖（α，α）、异海藻糖（β，β）和新海藻糖（α，β）。
海藻糖的两个葡萄糖分子构型为六元环的吡喃葡萄糖构型，通过α-1,1糖苷键连接。
由于两个葡萄糖分子可以形成α-吡喃葡萄糖和β-吡喃葡萄糖，通过α-1,1糖苷键连接可以得到三种异构体：海藻糖（α，α）、异海藻糖（β，β）和新海藻糖（α，β）。
基本信息栏中的信息均为海藻糖（α，α）的相关数据。
海藻糖常以二水合物形式存在。
二水合物的分子式为C12H26O13，CAS登录号为6138-23-4。
贮藏：干燥，密封保存。
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